1、進口關(guān)稅的減稅及免稅
（1）貨物發(fā)生變質(zhì)或損傷（damage cargo）
a、進口申報前發(fā)生變質(zhì)、損傷的貨物，在進行申報時應(yīng)考慮酌減關(guān)稅。
b、進口申報后至獲得進口許可前，貨物因所在地發(fā)生火災(zāi)、水災(zāi)等不可抗拒事件，導(dǎo)致變質(zhì)或損傷的，可減征關(guān)稅。此時，進口商須在進口許可下達前向貨物所在地海關(guān)關(guān)長提交2份《損傷、變質(zhì)減稅明細書》，記載貨物編號、品名、數(shù)量、變質(zhì)損傷原因及程度、計劃減稅金額及其計算根據(jù)等。
（2）非變質(zhì)、損傷貨物（sound cargo）
日本政府從國家政治、經(jīng)濟、社會等政策出發(fā)，對一些商品規(guī)定了臨時或長期的減免稅政策。如，對于有利于國內(nèi)設(shè)備現(xiàn)代化的某些機械類產(chǎn)品，有臨時規(guī)定的減免稅或退稅政策。
（3）關(guān)稅減免手續(xù)
申請減免稅時，須在進口申報書上注明減免稅有關(guān)事項，在申報時提出減免稅要求。
2、進口關(guān)稅的退稅
獲得進口許可并已繳納進口關(guān)稅的貨物，在獲得許可后繼續(xù)保存在保稅區(qū)或其它規(guī)定地點時，因災(zāi)害等不可抗力原因而導(dǎo)致變質(zhì)、損傷，按規(guī)定可退還全部或部分所繳關(guān)稅。災(zāi)害結(jié)束后，進口商須立即向所在地海關(guān)提交《受災(zāi)貨物報告書》，海關(guān)關(guān)長予以確認(rèn)并發(fā)給確認(rèn)書。災(zāi)害結(jié)束后3個月內(nèi)，進口商可憑上述確認(rèn)書向貨物所在地管轄海關(guān)關(guān)長辦理受災(zāi)貨物關(guān)稅返還申請。
3、國內(nèi)消費稅的征收與免稅
日本規(guī)定進口酒類、糖類、揮發(fā)油、石油氣等商品時，在繳納進口關(guān)稅的同時，還須繳納國內(nèi)消費稅，這類商品的國內(nèi)消費稅手續(xù)一般與關(guān)稅一起辦理，不必單獨提出消費稅的申報書。因各種原因免征進口關(guān)稅的貨物，其國內(nèi)消費稅也相應(yīng)免除。
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